Wraz z upadkiem Rzeczypospolitej u schyłku XVIII wieku parafia Zielonki została rozcięta linią zaborów. Wieś Zielonki znalazła się tuż nad granicą austriacko-rosyjską. Obecność kordonu granicznego stwarzała możliwość zarobku na przemycie. Szwarcowano różne towary, często alkohol, który przenoszono w świńskich pęcherzach pod ubraniem, gdyż butelki mogły by dzwonić. Trwający aż 123 lata okres zaborów przyczynił się do rozbicia Polski i Polaków. Dlatego problemem po odzyskaniu niepodległości było ujednolicenie administracji, wojska czy szkolnictwa. Wiadomo, że mieszkańców zaboru austriackiego określano cenciokami, a z zaboru rosyjskiego kopiniokami (od używanych tam monet). Do dnia dzisiejszego występują jeszcze lokalne różnice. Dodajmy tu, że wielu spośród chłopów nie znało wówczas ściśle pojęcia polskości, mając za swego władcę siedzącego „w Widniu cysorza”.

Jedną z pierwszych oznak zbliżającej się nieuchronnie wojny między zaborcami, na którą liczyły zrodzone w niewoli pokolenia Polaków, była budowa twierdzy Kraków. Miasto było dla Austriaków ważnym punktem strategicznym, dlatego należało go zabezpieczyć. W 2. połowie XIX i początkach XX wieku wybudowano w Krakowie i wokół niego ogromny kompleks forteczny, zgrupowany w kilku pierścieniach obrony. W podkrakowskich wsiach z reguły tereny pod fortalicje, zwane przez chłopów werkami, były kupowane od dworów. Stawiano je tak, by armaty mogły ostrzeliwać teren pomiędzy nimi i wzajemnie się ubezpieczać. Do pracy przy budowie zatrudniano okoliczną ludność, która mogła przy okazji nabyć fachu budowlanego. Szukając dobrej gliny do wypalania cegieł z czasem założono w Zielonkach cegielnię. I to były jedyne pozytywne elementy tzw. Festung Krakau. Bliskość granicy państwowej sprawiła, że po rozpoczęciu I wojny światowej wsie wokół Krakowa zostały zburzone, a mieszkańcy wysiedleni (rozkaz demolitionsbefehl i ewakuacja). Celem wyburzeń było odsłonięcie przestrzeni dla dział fortecznych. Dopiero od przednówka 1915 roku mieszkańcom pozwolono na powracanie do rodzinnych miejsc, kiedy wojska rosyjskie zostały odrzucone od Krakowa. Śladem po walkach na przedpolu twierdzy są mogiły poległych żołnierzy, których wiele do dziś stoi we wsiach gminy Kocmyrzów-Luborzyca. Prawdziwa odbudowa wsi miała miejsce jednak dopiero po ustaniu działań wojennych w 1918 roku. Po kilku latach Zielonki znów ucierpiały na skutek wybuchu prochowni w forcie Witkowice.